События разворачиваются в январе 2118 года: Аканэ Цунэмори, выполняя обязанности главного инспектора Бюро общественной безопасности, получает информацию об инциденте, произошедшем на иностранном судне. Аканэ и Ацуси Синдо, руководитель отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, торопятся на место события, однако по неизвестным причинам полномочия по расследованию передаются Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел.
На корабле тем временем обнаружена мертвой Доктор Милиция Стронская, которую Ацуси пригласил на встречу в качестве гостя. За инцидентом стоит организация "Нарушителей мира", которую Исполнительный отдел преследовал на протяжении долгого времени. Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что инцидент вызван "Нарушителями мира", которые нацелились на исследование доктора Стронской, известное как "Документ Стронской", и создает команду для совместного расследования с Департаментом поведенческих расследований. Там они встречают Шинью Когами, бывшего беглеца из Бюро общественной безопасности. При помощи Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался с доктором Стронской, команда отправляется в Дэдзиму для получения документа. Аканэ и Когами сталкиваются с неожиданно крупным делом, связанным с "документом Стронской".
Скрытая истина, способная потрясти японское правительство и систему "Сибилла", впервые будет раскрыта. Это нерассказанная история — связующее звено между "Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства" и "Психо-Пасс 3".
