Действие истории разворачивается в Токио в 2029 году.
Динозавры, которых долгое время считали полностью вымершими после падения астероида, на самом деле сумели выжить. Они сохранили свой вид, передавая свою ДНК человечеству через смешение с людьми. Скрываясь среди обычных людей, они живут незаметно в обществе и тайно охотятся на человечество.
Противостоит им тайный орден ниндзя, владеющий Рюгэсё – особым пигментом, наполненным древними воспоминаниями. Нанося этот загадочный пигмент на своё тело, ниндзя пробуждают в себе силу динозавров и используют её для борьбы с хищниками, угрожающими человечеству.
Когда динозавры начинают кампанию по уничтожению человеческого рода, ниндзя поднимаются, чтобы остановить их. Начинается битва за выживание двух видов.
