Действие сериала проиcходит в Малом Токио — городе, где традиционное встречается с футуристическим. Город населён разнообразными антропоморфными животными из крови и плоти, у многих из которых, однако, имеются кибернетические части тела. Официально, правителем Малого Токио является Император Фред. Но после того, как были удалены его зубы мудрости, он сошёл с ума. Позади консула находится премьер-министр Сеймур «Большой» Сыр, который постоянно пытается свергнуть Принцессу и консула, таким образом став Императором Малого Токио. Только командир Дворцовской Охраны — Аль Денте — знает о тайных коварных планах Большого Сыра. Однако, из-за недостатка доказательств, его единственный выбор — предотвращать исполнение планов Сеймура. Для этого он нанимает троих юных котов-воинов, Samurai Pizza Cats. Каждый из них обладает своими навыками и оружием, которые помогают им защитить граждан Малого Токио, как правило от гигантских роботов Сеймура Сыра.
