Японией тайно управляет тираническая группировка ниндзя под названием «Шиногара». Её лучший убийца — человек по имени Хаятэ Канума, чей отец возглавляет «Шиногару».
Однако Хаятэ понимает, что власть тайного общества над Японией несправедлива. Пожертвовав собственной безопасностью, Хаятэ убивает отца. Теперь он скрывается, и от мстящих бывших товарищей ему почти нигде не найти убежища — разве что у его сестры. Получив, возможно, смертельное ранение, Хаятэ переносит свою душу в тело сестры и временно делит его с ней. Его сестра Сиори может пробудить Хаятэ и призвать его способности ниндзя, когда «Шиногара» оказывается поблизости, но с каждым разом она всё больше теряет себя. Такая жизнь не может продолжаться вечно, так как же Хаятэ наконец одолеет «Шиногару»?
