В мире Синдзо человеческая жизнь практически сошла на нет. После того как смертоносный вирус поставил человечество на грань вымирания, была создана новая раса — энтерране, призванная сохранить жизнь на Земле. Однако отношения между энтерранами и их создателями не остались мирными: вскоре разразилась война, в которой энтерране сражались против людей и их роботов. В итоге победу одержали энтерране, переименовавшие Землю в Энтерру в честь своего триумфа.
Незадолго до того, как пали последние остатки человечества, один из немногих уцелевших учёных поместил свою дочь, Якумо Синдо, в капсулу сна. Он надеялся, что однажды она проснётся и отыщет человеческое убежище, известное как Синдзо, тем самым возродив человечество и восстановив мир между людьми и энтерранами. С тех пор минули века, и вот Якумо пробуждается и встречает энтеррана по имени Масюра, который клянётся помочь ей в её поисках. К ним присоединяются энтерране Саго и Кутал, и теперь этой компании предстоит разыскать утраченные воспоминания Якумо и найти Синдзо. Но не все энтерране столь же добры, как новые друзья Якумо — некоторые готовы пойти на любые злодеяния, лишь бы не допустить возвращения человечества.
