Тридцать два года прошло с момента первоначального поражения захватчиков. A.E.G.I.S сейчас практически ликвидирована и превратилась в подпольную организацию, состоящую всего из нескольких Хранителей Врат, оставшихся спасать человечество. Одну из участниц, Аянэ Исудзу, тошнит от общества в целом, хотя она продолжает побеждать Захватчиков назло своему отцу. Внезапно она узнает о возрождении Машинного генерала (Сегун Кикаи) и графа Дьявола (Акума Хакушаку), но таинственная девушка-призрак теперь сопровождает их. Аянэ и остатки A.E.G.I.S должны остановить их и снова спасти человечество.
