Когда старый Цифровой мир оказался перенаселён, суперкомпьютер создал новый и перенёс туда Королевских рыцарей и избранных дигимонов. Оставшихся он приговорил к уничтожению, запустив смертоносную Программу Икс. Однако некоторые дигимоны выработали Икс-Антитело, защитившее их от вируса и наделившее новыми, более мощными формами.
Пробившись в Новый Цифровой мир, выжившие столкнулись с враждебностью избранных Иггдрасилем дигимонов. Суперкомпьютер приказал Королевским рыцарям истребить незваных гостей, но Омегамон, и начали сомневаться в справедливости этого приказа. Тем временем молодой оказывается втянут в это противостояние. Защищая беззащитного Токомона, он отправляется на поиски собственного истинного происхождения, не подозревая, что его судьба неразрывно связана с тайной самого Иггдрасиля.
