«My-Otome Zwei» разворачивается спустя год после событий «My-Otome». Арика Юмэмия теперь полноправная Отомэ (хотя всё ещё находится под опекой госпожи Марии), а Наги Дай Артай отбывает срок в одной из тюрем Ариеса. Между государствами воцарился мир, и они планируют провести S.O.L.T. (Стратегические переговоры по ограничению числа Отомэ), чтобы обсудить сокращение количества Отомэ.
Миссия по уничтожению метеорита, угрожающего столкновением с Эрлом, запускает цепь событий, в результате которых загадочная тёмная фигура нападает на Гардероб и нескольких Отомэ, а по всей планете начинает распространяться новая, куда более мощная версия Слейва. Ситуацию усугубляет исчезновение королевы Масиро Блан де Уиндблум после ссоры с Арикой. Сериал повествует о поисках Масиро, которые ведёт Арика, а также о попытках Гардероба выяснить правду, скрывающуюся за таинственной тёмной фигурой.
