После завершения работы невероятно популярной MMORPG с виртуальной реальностью «The World» выходит новая версия игры — The World R:2. В свой первый день в игре новичок Хасэо думает, что успел завести друзей для совместных квестов. Однако, словно в насмешку над его чувствами, они убивают его персонажа просто ради развлечения. К счастью, его спасает загадочный однорукий игрок по имени Ован, который предлагает показать ему «The World».
Вместе с Ованом и его подругой-клириком Сино Хасэо переживает чудесный первый год в игре. Но эта мирная жизнь рушится, когда персонажа Сино убивает знакомая всем фигура, известная как Три-Эдж, чьи жертвы в реальном мире неизменно впадают в кому. Охваченный гневом, Хасэо клянётся найти неуловимого Три-Эджа и убить его.
Действие разворачивается в течение первого года Хасэо в «The World» — .hack//Roots исследует дружбу, которую Хасэо обрёл в игре, прежде чем Три-Эдж отнял её у него.
