На втором году обучения в академии сталкивается с Эдо Фениксом, сумевшим одолеть его колоду. После этого совершенно теряет способность сражаться в дуэлях и решает уплыть с острова, но на лодке он попадает в нео-пространство, которое создал сам Дзюдай, будучи маленьким ребёнком. Тогда он нарисовал прототипы карт, которые впоследствии стали реальными картами «Дуэльных монстров», и спустя много лет эти карты попали в руки к их создателю. Так у Дзюдая появилась колода монстров нео-пространства. И уже через некоторое время его колода стала гибридом между «Стихийными героями» и «Нео-пространством».
На третьем году обучения Дзюдай попадает в альтернативное измерение из-за попыток Кобры воскресить дуэльного духа, принадлежащего Дзюдаю, Юбель. В альтернативном измерении Юки понимает, что дуэли — это не всегда весело. Спустя некоторое время его личность меняется, и пробуждается его альтер-эго — Верховный Король, желающий уничтожить всех жителей альтернативных измерений. Когда друзьям Юки удаётся его вернуть, он меняется полностью. Дуэли для него уже не веселье, а большая ответственность. В последней схватке с Юбель Дзюдай использует «Суперслияние», чтобы стать единым с ней. Вернувшись в академию, Юки решает уйти в одиночное путешествие, чтобы стать настоящим мужчиной. Сразившись на выпускной дуэли с Юги Муто, главный герой уходит по направлению ветра.
