Оказалось, что Оптимус и Магнус были претендентами на место лидера автоботов. Магнус считал себя более достойным, но Матрица выбрала лидером Оптимуса. Магнус прибывает на Землю, чтобы забрать Матрицу (если понадобится, то и силой). Поврежденный Магнусом Оптимус укрывается на небольшом острове, где его находят предаконы и десептиконы. Следом за ними появляется и Ультра Магнус. Он притворяется, что хочет помочь, а сам силой заставляет Оптимуса объединиться в Омегу Прайма. Но Магнус не учёл, что сила Омеги принадлежит и Оптимусу. В конце концов, Оптимус берёт верх над Магнусом и Омега Прайм побеждает предаконов и десептиконов. Оптимус не держит зла на Магнуса, тот в свою очередь начинает задумываться о присоединении к Оптимусу, но с решением не торопится. Позднее, Магнус ещё не раз помогает автоботам в битвах. В одной из них он усиливает «БРАТЬЕВ-АВТОБОТОВ», но сам не понимает, как именно он это сделал (возможно, часть энергии Матрицы передалась Магнусу).
