Впервые появляется в прологе франшизы как добродушный и вежливый парень, однако во время первого суда показывает свой безумный характер. После начинает бредить о том, что Надежда, созданная путём уничтожения Отчаяния — самое прекрасное чувство, которое только есть в этом мире. Считает, что его специальность даже близко не стоит со специальностями одноклассников, так как вызывает лишь жалость от того, что он родился без какого-то особого таланта. Также его не заботит собственная жизнь, поэтому просит других учеников убить его и даже предлагает помочь в разработке идеального плана своего убийства.
Испытывает к Хадзимэ странного рода интерес. Узнаёт от Монокумы о настоящих личностях учеников из «Группировки Отчаяния». Чтобы уничтожить Отчаяние, решает совершить идеальное убийство, настоящего виновника которого точно не найдут. Ставит всю свою удачу на то, чтобы Тиаки случайно убила его. Раскрыв его план, Тиаки признаёт себя виновной, после чего её казнят.
Возвращается в «Данганронпа 3: Конец школы надежды» в качестве ученика класса 77-В Академии Пика Надежды. После того, как Дзюнко проводит «промывание мозгов», Нагито и его одноклассники становятся частью «Абсолютного Отчаяния».
Главная цель Комаэды — помочь создать счастливый, обнадёживающий мир. Но из-за Эносимы эта идея искажается. В то же время кажется, что «промывание мозгов» повлияло на Комаэду иначе, чем на всех остальных, поскольку Нагито сохраняет и свою ненависть к Дзюнко, и любовь к Надежде. Также лучше остальных понимает, что делает, поэтому и является самым разумным из «Абсолютного Отчаяния». Хотя всё ещё действует во имя Надежды, его планы гораздо более опасны, чем были раньше.
