«Башня будущего», по-видимому, рассказывает историю совершенно обычного мальчика по имени Мацуюки Такэру. Он переживает смерть матери и узнаёт, что у него есть сводная сестра, с которой он никогда не встречался; влюбляется и кое-как сдаёт вступительные экзамены. Но есть ещё загадочный ребёнок по имени Дзэн, который продолжает появляться. Познакомившись с Дзэном поближе, Такэру оказывается втянут в многовековое соперничество двух семей, а его реальная жизнь всё больше напоминает любимые им ролевые игры — пока ему буквально не приходится сражаться за свою жизнь.