История «Песни насекомых» разворачивается в недалёком будущем. За десять лет до начала событий начали появляться странные насекомоподобные существа, известные как «муси». Они способны поглощать людские мечты и мысли в обмен на сверхъестественные способности. Главный герой Дайсукэ «Какко» Кусурия встречает юную девушку по имени Сиика Анамото. Со временем они сильно сближаются. Однако Какко не знает, что Сиика сбежала из секретной тюрьмы GARDEN, где содержат одержимых муси — мусицуки. Военное подразделение GARDEN, Управление по охране окружающей среды, отправляет своего лучшего убийцу на поиски Сиики. Но ему противостоит организация сопротивления мусибанэ, которой руководит таинственная «Божья коровка».
