Таинственная организация заинтересовалась способностью начинающего дуэлянта Сёбу Кирифуды оживлять существ Duel Masters. При поддержке друзей Сёбу с азартом, дисциплиной и душой участвует в дуэлях, стремясь стать похожим на своего отца и следующим мастером кайдзюдо.
В центре сюжета — карточная игра Duel Masters, действие которой разворачивается в пяти цивилизациях: Огня, Воды, Света, Тьмы и Природы.
