История «Союза Иггдры» начинается с того, что принцесса Фантазинии Иггдра бежит из осаждённой родины, прихватив семейную реликвию — священный меч Гран Сентурио. На протяжении всей истории мысль о том, что справедливость на стороне священного меча, побуждает Иггдру и её армию двигаться вперёд, несмотря на все испытания, а также служит для них объяснением совершаемых ими поступков. Эта идея постоянно используется как оправдание их действий, особенно в тех случаях, когда во время войны истребляют мирных жителей.
В основном история рассказывает о возвращении Иггдрой своего королевства, захваченного Бронкианской империей, и о том, как в итоге она объединяет весь мир под своей властью. На этом пути её ждёт множество остановок, из которых складывается сложный и захватывающий сюжет. Концовка зависит от действий игрока: одна из них фактически означает конец игры, а две другие остаются открытыми — в одной Иггдра продолжает следовать идеалу, согласно которому справедливость на стороне священного меча, а в другой жертвует им ради достижения всеобщего мира.
«Союз Иггдры: Антология» — сборник комиксов по мотивам «Союза Иггдры», созданный разными художниками и выпущенный 31 марта 2007 года.