История начинается в недалёком будущем, когда уровень Мирового океана поднялся и затопил большую часть низменных земель на Земле. Учёный-отступник Зорндайк вызвал это наводнение, погубившее бесчисленное множество людей, а большинство сохранившихся городов человечества подверглись нападениям или были уничтожены армией Зорндайка, состоящей из «гибридов» — наполовину животных. Оставшиеся люди начинают войну с морскими созданиями Зорндайка ради простого выживания. Последняя надежда человечества на разрешение конфликта связана с подводными силами, в числе которых находится и главная героиня истории — субмарина № 6 «Блю». Выясняется, что Зорндайк пытается окончательно завершить конфликт в пользу своих детей-гибридов, искусственно вызвав смену полюсов с помощью геотермальной энергии на Южном полюсе.
