Действие сериала происходит через 150 лет после того, как человечество лишилось половины планеты из-за таинственного «чёрного тумана». Чтобы сдержать «чёрный туман», возвели стены высотой 3000 метров (примерно 10 000 футов), разделившие мир, а уцелевшая половина человечества теперь живёт в городах, называемых «ковчегами». «Девятый ковчег» — один из них.
Сидо Эниси, один из немногих выживших японцев, держит детективное агентство на девятом ковчеге. Преследуя мужчину, подозреваемого в краже со взломом, он узнаёт о масштабном заговоре, который может быть связан с синдромом Ривигарудо, превращающим его жертв во что-то нечеловеческое.