За прошедшее десятилетие миру стало известно о существовании магии. Мир перенес огромное потрясение. Тем не менее, мальчик по имени Тота, живущий в сельском городке, далек от этих потрясений. Его обычная жизнь выделяется своей магией, он получает поддержку от учительницы и друзей. Однажды, его спокойной повседневной жизни приходит конец, вот тут-то и начинается удивительное приключение.
События манги происходят 80 лет спустя окончания Mahou Sensei Negima!, где Нэги Спрингфилд является почившим дедушкой главного героя, а его учительница — Евангелина МакДауэлл [エヴァンジェリン・A.K.・マクダウェル].
