«Компайлер» — история о братьях Игараси, Нати и Тоси, и двух красавицах из другого измерения — Компайлере и Ассемблере. Изначально их послали завоевать Землю с помощью игры на разрушение и созидание, но Компайлер и Ассемблер решили, что жить в нашем мире веселее, чем завоёвывать его. Они поселились у Нати и Тоси. Между Нати и Компайлером, а также Тоси и Ассемблером начали развиваться отношения, хотя никто из них не может прямо признаться в своих чувствах.
Тем временем отправившие Компайлера и Ассемблера завоевать Землю пришли в ярость из-за их очевидного предательства. Они послали двух убийц — Биоса и Директори — разобраться с отступницами и продолжить план вторжения. Так и начинаются злоключения…