Сто лет эпохи Тайсё. После разрушения старой столицы Токио во время Великой катастрофы Тайсё проходят сезоны, и новая столица Оукё чудесным образом восстанавливается вокруг священного вишнёвого дерева, известного как «Сэмбонзакура». Однако после катастрофы мрачные и зловещие сверхъестественные происшествия случаются всё чаще, и Особый взвод сакуры Ками-Цуки встаёт на защиту мира в столице! Тем временем однажды весной Мику отправляется с семьёй любоваться цветущей сакурой. В поисках старшей сестры она сама теряется и натыкается на гигантское вишнёвое дерево! Внезапно Мику обнаруживает, что на ней военная форма, а сама она подверглась нападению ниндзя! Но тут её спасают близнецы Рин и Лен, называющие себя членами Особого взвода сакуры Ками-Цуки…?
