В 2115 году страна, ранее известная как Япония, разделилась на два параллельных мира: Фронтир S (Stratos) и 17-й Дальневосточный имперский городской административный округ. Фронтир S — беззаконная вселенная, где царит свобода, тогда как 17-й Дальневосточный имперский городской административный округ — тоталитарная вселенная, полностью лишённая свободы и находящаяся под постоянным наблюдением. Когда два мира начинают сливаться воедино, правительства обоих инициируют Operation Stratos — протокол мирового масштаба, в рамках которого отобранные стрелки, наёмники и особые люди из каждой вселенной будут отправлены в 2015 год, чтобы изменить прошлое, уничтожая другую сторону, пока не выживет лишь одна группа и одна из параллельных вселенных не будет стёрта.
