Два суперкомпьютера, Кварк и Лептон, управляют почти всем в Японии. Поскольку их разработчик Киёми Танабэ умер, не раскрыв их устройство, они никому не подчиняются. Теперь, в 2018 году, Наоки, единственный сын Киёми Танабэ, — старшеклассник, живущий обычной жизнью, и он вновь встречает свою подругу детства Аю. Она говорит ему: «Тебе нужно бежать! Правительство пытается схватить тебя!» И жизнь Наоки переворачивается с ног на голову.
