После того как секретная организация «Акаи Уми» («Красное море») насильно вводит ей ДНК Мусаси — легендарного фехтовальщика, — Хаганэ Якуссимару становится искусной фехтовальщицей и обретает сверхъестественные способности. Она отправляется спасать родителей, похищенных «Акаи Уми», заводя друзей и наживая врагов среди сверхъестественных существ — «паразитических проектов», которым также ввели ДНК других исторических личностей. В чём секрет Хаганэ? Почему она — единственная женщина, успешно перенёсшая введение ДНК? Что на самом деле представляет собой проект под названием «Откровения нового тысячелетия»?