Путешествие Соры в Kingdom Hearts II подошло к концу, и теперь начинается новая история. Джимини Крикет просматривает дневник, в котором он записывал своё первое приключение с Сорой, и обнаруживает загадочное сообщение. Он его не писал — так как же оно там оказалось? Король Микки решает во всём разобраться, и они с друзьями оцифровывают дневник, чтобы раскрыть его самые сокровенные тайны. В этом «цифровом мире» обитает второй Сора, которому предстоит отправиться в собственное великое приключение.
