Манга «Югио! Арк-Файв» посвящена Юя Сакая — таинственному дуэлянту-развлекателю, известному как «Призрак», а также его трём другим личностям: Юто, Юго и Юри. За ним охотится Leo Corporation: он взломал массовую систему Solid Vision компании и использовал её в собственных целях.
Скрываясь от преследователей, Юя встречает Юдзу Хиираги — дочь директора дуэльной школы Сю Дзё, находящейся на грани банкротства. Юдзу обманом заставляет Юю подписать контракт и стать преподавателем в её школе. Однако прежде чем приступить к преподаванию, Юя должен найти карту под названием «Генезис Омега Драгон», которая, как говорят, определит судьбу мира и связана с его разрозненными воспоминаниями.
История разворачивается в альтернативной версии города Майами-Сити, где Leo Corporation, возглавляемая президентом Рэйдзи Акабой, контролирует большую часть системы Solid Vision. Массовое распространение системы Solid Vision не только породило «экшен-дуэли», но и помогло улучшить город: спасать жизни и устранять разрушения после стихийных бедствий. Со временем она стала важной частью жизни людей.
