Код Квалидеи: После того, как он сломает мир

История происходит в мире, где человечество сражается в войне с «неизвестными». Дети, которых ранее заморозили в специальном учреждении несколько десятков лет назад, сейчас проснулись ото сна и обнаружили, что их тела выработали сверхспособности. Теперь, для защиты городов от «неизвестных», которые появляются у токийского причала, дети вступают в битву с врагами человечества.