В центре сюжета манги «Метроид EX: Самус и Джоуи» — Samus Aran, лишившаяся улучшений своего Силового костюма из-за Greed — существа того же вида, что и её заклятый враг Ridley. Вместе с Joey Apronika и Diesel Samus пытается вернуть их во время опасных приключений по галактике Extreme Galaxy.