Считается, что мифический покемон Мью обладает невероятными способностями и вечной жизнью. Пытаясь создать сильнейшего в мире покемона, учёные находят окаменелость с одной из ресниц Мью и извлекают из образца ДНК, успешно создав легендарного покемона Мьюту. Но вскоре после рождения это существо уничтожает лабораторию и замышляет отомстить человечеству — всё это в поисках смысла собственного существования.
Тем временем Сатоси, Касуми и Такэси получают загадочное приглашение в замок на Новом острове, где им якобы предстоит встретиться с величайшим тренером покемонов. Сатоси с готовностью принимает приглашение, и по прибытии троица вскоре встречает ещё троих тренеров, которых также пригласили благодаря их потенциалу: Сорао, Умио и Свит. Не подозревая, кто их хозяин и тренер, встречи с которым они ждали, гости узнают, что это Мьюту, бросающий им вызов с помощью созданных им покемонов-клонов!
