Действие "Сад Сиона" происходит в Ботаническом исследовательском институте Сиона, который посещают те, кто страдает таинственными болезнями. Основная история разделена на четыре части. "Весна: симбиоз" рассказывает о девушке с таинственными регенеративными свойствами и ее старшем брате. "Лето: Океанская ночь в разгар лета" следует за маленьким мальчиком; внутри его тела растут растения. Ночью он очарован таинственной красавицей, но не может встретиться с ней. "Осень: одна ночь, тысяча лет" рассказывает о женщине, которая теряет память каждые 15 часов. Тем временем таинственные грибы, которые растут в ее теле, начинают поглощать ее. "Зима: Ренатус" рассказывает о человеке, который недавно перенес пересадку сердца и теперь живет в одиночестве. Во сне, действие которого происходит в странной бамбуковой роще, он становится свидетелем девушки, которая убегает от него.
