«Бэтмен-ниндзя» переносит нас сквозь века: машина перемещения во времени Гориллы Гродда отправляет многих злейших врагов Бэтмена в феодальную Японию — вместе с Тёмным рыцарем и несколькими его союзниками. Злодеи принимают облик феодальных правителей, поделивших между собой расколотую страну, а Джокер возглавляет враждующие группировки. Поскольку традиционное высокотехнологичное оружие Бэтмена почти сразу приходит в негодность, ему приходится полагаться на свой интеллект и союзников — включая Женщину-кошку и расширенную семью Бэтмена, — чтобы восстановить порядок в стране и вернуться в современный Готэм.
