История Тацуро Синосаки — священника и частного сыщика, который расследует странные тайны, связанные с мистическим воздействием. Однажды в его церковь приходит женщина в поисках загадочного красного пингвина. Она применяет к нему постгипнотическое внушение, из-за чего при упоминании фразы «красный пингвин» он начинает галлюцинировать. Пока начинаются поиски красного пингвина, раскрываются тайны прошлого Тацуро, в том числе связанные с таинственным обществом, которое может быть причастно к его внезапно ставшей ненадёжной памяти.
