«Выпускной М» посвящён пяти ученикам старших классов частной школы Сэйрю, совершенно непохожим друг на друга. Микимаро Симура хочет лишь, чтобы они все подружились; Сё Накамото — вундеркинд, который учится ценить людей; Того Араи — известный в школе ловелас и хулиган; Юсукэ Като — активный ученик, влюблённый в преподавателя; и наконец, новый переведённый ученик Симон Такагиаре — богатый и опрятный юноша. Этим ученикам предстоит научиться ладить друг с другом, и постепенно они начинают раскрываться и помогать друг другу.