«Хакэн но ниндзя Акабанэ» рассказывает о Ютаке Иродори, служащем, которого переводят в бесперспективный отдел его кондитерской компании, прозванный «отделом Акабанэ» в честь его начальницы. Придя туда, Ютака обнаруживает, что все временные сотрудницы отдела — красивые девушки и современные ниндзя, в том числе дочь начальницы, Акэнэ Акабанэ. Вскоре Акэнэ и остальные девушки начинают вертеть Ютакой как хотят.
