Cарариман Фудзикидо Кэндзи становится жертвой конфликта ниндзя в здании Маруноути, где теряет жену и ребёнка и сам оказывается смертельно ранен. Однако в этот момент в него вселяется неопознанная ниндзя-душа, «Нараку-Ниндзя», и Фудзикидо перерождается в убийцу ниндзя — «Охотника на ниндзя».
Наконец, в потрясающем сражении ему удаётся уничтожить Синдикат Соукай. Но когда он уже считал свою цель достигнутой, появляется новая ниндзя-организация, Теневая Гильдия Зайбацу, и в ходе крупномасштабного теракта предаёт Нео-Сайтаму огню. Более того, обнаруживается, что Зайбацу причастна к тому самому конфликту, в котором были убиты его жена и ребёнок.
А значит, пощады не будет, ведь ниндзя должны умереть! Охотник на ниндзя, Фудзикидо Кэндзи направляется в Киото, чтобы разделаться с Зайбацу.
