Действие манги разворачивается в постапокалиптическом будущем. Город Тифарес парит высоко над землёй. В нём обитает высшая раса— Тифареанцы, они очень развиты. А на поверхности земли обитают отбросы общества— обычные люди, для которых Тифарес недоступен. Хотя мир и Людей и Тифареанцев высоко развит, городов на земле почти нет, люди вынуждены жить в руинах, на свалках… На поверхности повсеместно процветает преступность и наркобизнес. Такова тёмная и кровавая реальность этой манги. История повествует о том, как учёный, живущий на поверхности, обнаруживает на одной из свалок неплохо сохранившуюся голову девушки-киборга. Принеся находку домой, учёный приходит к заключению, что мозг киборга всё ещё жив. Он воскрешает девушку и называет её Алита. Теперь у неё есть новое тело и новое имя. О своём прошлом она совершенно ничего не помнит, хотя какие-то навыки у неё остались. Пытаясь найти своё призвание в новом для себя мире, Алита решает стать охотником за головами разыскиваемых преступников…
