Чтобы узнать о своих корнях, Сяраку должен исследовать таинственные руины, оставленные ему в наследство давно исчезнувшей цивилизацией Трёхглазых. В поисках по всему миру, которые приводят его вместе с Тиёко Вато в такие места, как Аризона, остров Пасхи и Мексика, Сяраку расшифровывает древние письмена и использует придуманные им приспособления, чтобы решать — или создавать — проблемы и загадки.
Сяраку часто дразнят за его детское поведение, поэтому история также рассказывает о том, как он даёт отпор, когда снимают крестообразную повязку, закрывающую его третий глаз. Под повязкой скрывается злобный третий глаз Сяраку, и, когда тот видит, наружу выходит скрытый гений зла мальчика. Соперничество Сяраку с учителями или учениками время от времени становится важной частью сюжета.