Действие Clear происходит на острове Харукадзима. Главный герой, Коити Юкино, когда-то жил на острове, но в детстве переехал в Токио. Коити возвращается из Токио на этот совершенно обычный маленький остров у побережья материковой части Японии и поселяется у своего дедушки. Вернувшись, он обнаруживает, что часть его детских воспоминаний об острове исчезла. Коити не обычный человек: он разновидность вампира, питающегося кровью, хотя и не может нападать на людей.
