Действие начинается через год после финала первой серии: бывший император Цуру Цурулина III возрождает империю Марухагэ в виде Неоимперии Марухагэ, где возобновляется охота на волосы и появляется новое поколение могущественных генералов охоты на волосы. Переведя способности своего «Кулака волоска из носа» в форму «Истинной теории», Бобобо-бо Бо-бобо вновь объединяется с Бьюти и союзниками Хадзикэ, чтобы противостоять возобновившейся угрозе Марухагэ.
