В основе сюжета — события, свидетелями и участниками которых становятся Мидори и Адамас в The World R:2, чрезвычайно популярной MMORPG, новой версии оригинальной игры The World. Мидори встречает множество персонажей из .hack//Roots (в первую очередь Хасэо) и .hack//G.U. (например, Силабуса и Гаспарда). Главный сюжет строится вокруг того, как Мидори подставляется под игроков, собирающихся убить её, а также вокруг ряда событий в реальном мире, связанных с девушкой по имени Мидори, находящейся в коме.
