«Перекрёсток духов» рассказывает о старшей школе Сайто — школе, где по коридорам бродят и ученики, и духи, — и ученическом совете, который старается поддерживать порядок для всех: прилежном Харутo Ходзё, сыне христианского пастора; Казуми Рюдо, помешанном на девушках сыне буддийского монаха; и Муцуки Асахине, дочери синтоистского жреца, неравнодушной к парням вдвое младше себя.
Хотя многие духи, обитающие в коридорах и глубинах Сайто, добродушны, немало среди них и злобных. Чтобы избавить школу от злых духов и опасных демонов, ученический совет прибегает к помощи семи особых духов, обитающих в школе. Каждый из них основан на распространённых мифах и историях о призраках в японских школах, а призвать их можно с помощью семи особых значков, которые есть у Харутo.
