«Боруто» — это продолжение легендарной истории «Наруто», сосредоточенное на новом поколении ниндзя. Главный герой — Боруто Узумаки, сын Наруто Узумаки, ставшего Седьмым Хокаге (лидером Деревни Скрытого Листа), и Хинаты Хьюга.
Манга показывает мир спустя несколько лет после событий «Наруто»: эпоха войн осталась позади, технологии развиваются, а жизнь в Конохе стала более спокойной. Однако это не значит, что проблем больше нет — впереди Боруто и его друзей ждут новые угрозы, испытания и загадки.