Поступив в старшую школу, Томохару Нацумэ решил жить отдельно. Основная причина этому — тот факт, что уже три года Томохару преследует призрак его подруги детства Мисао Минаками. Его старший брат Наотака как раз уехал учиться за границу, так что дом в полном распоряжении Томохару.
В первый же день в новом доме Томохару встретил двух прекрасных незнакомок. Одна из них, загадочная женщина по имени Куросаки Сюри, одетая во все чёрное, принесла ему серебристый чемодан якобы от брата. И тем же вечером в дом проникла девушка в одежде мико, попытавшаяся забрать чемодан, который она называла «экстрактор». Правда начала открываться, когда президент первого школьного студсовета Рэйсиро Саэки рассказала Томохару, что этот мир — наследие однажды разрушенного мира Первого Витка.
