«Сидония» — космическое судно, Ноев ковчег, призванный спасти остатки человечества от инопланетной угрозы, уничтожившей Солнечную систему. Десять столетий корабль дрейфует в космосе.
Главный герой, Нагатэ Таникадзэ, всю жизнь живший в глубинах огромного космического корабля «Сидония», по стечению обстоятельств попадает на внешние уровни, населенные людьми. Капитан корабля лично встречается с ним и предлагает стать пилотом-стражником. Как раз в этот момент к кораблю приближается таинственное существо — Гауна. Какова же роль Нагатэ в предстоящей битве с чудовищем?
