В 2199 году Земля переживает величайший кризис в своей истории. Из-за непрекращающихся бомбардировок инопланетной расы Гамилас планета уже не способна прокормить своих жителей. Ровно через год человечество должно исчезнуть с лица Земли.
В отчаянной попытке выжить люди создают Земные силы обороны — последний рубеж на пути ненасытной империи Гамилас. Однако надежда появляется, когда с загадочной планеты Искандар приходит послание: там готовы передать людям устройство, способное вернуть Земле её былое величие. Увидев шанс на спасение, командование Земных сил обороны обращается к легендарному Космическому линкору Ямато и в спешке собирает экипаж, которому предстоит преодолеть 148 000 световых лет, чтобы добраться до Искандара и получить помощь.
В состав команды входят молодые офицеры [Kodai Susumu] и [Shima Daisuke], а также ряд других недавно повышенных в должности членов экипажа — и все они находятся под командованием прославленного капитана [Okita Juuzou]. Неопытным героям «Космического линкора Ямато 2199» предстоит на ходу осваивать передовые технологии корабля, отбиваясь от непрекращающихся атак флота Гамилас. Чтобы выстоять перед лицом бесчисленных испытаний на борту «Ямато» и выполнить свою миссию — спасти человечество, пока не стало слишком поздно, — им придётся собрать всю свою волю в кулак.
