В 2025 году неожиданно появляются механизмы, получившие название Кико, и начинают нападать на людей, оставляя после себя полностью разрушенные города. Человеческая цивилизация лежит в руинах, но в Японии удаётся обнаружить обломки одного из Кико. Для изучения их вооружения создаётся исследовательский институт «Токийский институт Кико» (Токиген). Следуя пословице «клин клином вышибают», человечество возлагает последнюю надежду на то, чтобы обратить оружие Кико против них самих.
Спустя девять лет благодаря этим исследованиям создаётся новое оружие под названием «Муцу», которое почти готово к боевому применению. Управлять «Муцу» выбирают юношу по имени Рин Сагами и девушку по имени Юдзуру Мидо. На их плечи ложится бремя надежд всего человечества, но они принимают эту миссию с отвагой в сердце. Однако судьба, что ждёт их впереди, окажется поистине жестокой.
