«Ниндзя-воин Тобикагэ» рассказывает историю мальчика по имени Джо Мая. Однажды Джо, живущий на Марсе, становится свидетелем битвы между инопланетянами. Жители планеты Аннекс Забум нападают на принцессу планеты Радорио — она сбежала от императора Забума, замышляющего покорить вселенную, и совершила аварийную посадку на Марсе.
Джо случайно попадает на борт корабля принцессы, и это запускает цепь событий, которые навсегда изменят их жизни. Джо и его друзья используют против императора Забума и его войск трёх могучих механических зверей, но силы слишком неравны. Когда все надежды, казалось бы, потеряны, словно из ниоткуда появляется таинственный ниндзя-робот по имени Тобикагэ, чтобы прийти на помощь. Способность объединяться с тремя механическими зверями наделяет Тобикагэ невиданной мощью, и с его помощью Джо сражается против сил Забума...
