Действие происходит в период Сэнгоку. Рантаро Инадэра, Киримару Сэцуно и Симбэй Фукутоми — юные ученики Академии ниндзюцу, школы, где учат самых разных юнцов ремеслу ниндзя. Главную троицу, как и многих других учеников школы, называют «нинтама» (сокращение от «ниндзя» + «тама» [egg]), и всем им предстоит освоить целый набор уникальных навыков, чтобы достичь своей цели. К сожалению, всё не так просто: наши герои то и дело умудряются провалить занятия.
Со строгими учителями-ниндзя вроде сэнсэя Хансукэ Дои и сэнсэя Жена Дэндзо Ямады, озорными девчонками из класса куноити, целой командой пиратов и десятками других колоритных персонажей в безумном мире «Нинтама» может случиться что угодно.
Каждая серия длится семь с половиной минут, а в каждом сезоне (которых на данный момент насчитывается 29) обычно от 60 до 90 эпизодов.
