Второй сериал продолжает события второй видеоигры и посвящён затерянному континенту Му. Древняя цивилизация исчезла много веков назад, а некоторые её остатки до сих пор существуют в виде мифов и легенд, известных как неопознанные формы жизни (UMAs). UMAs начинают сливаться с людьми, чтобы найти сокровища Му — могущественные оопарты, которые дадут им силу возродить Му. После встреч Субару и Вар-Рока с несколькими необычными врагами они знакомятся с профессором по имени доктор Орихимэ, который отправляет их на поиски оопартов и поручает остановить UMAs. С помощью оопартов Рокман способен принимать новые формы, включая Тандер Берсерк, Файр Дайносаур и Грин Синоби.
