Он приказал остановить Ичиго Куросаки и его друзей во время их вторжения в Сообщество Душ для спасения Рукии Кучики, но в итоге примирился с ними, как и остальными синигами. Генерал Ямамото активно участвовал в войне с арранкарами под предводительством и инициативой мятежного капитана Соскэ Айзэна. После того, как синигами победили арранкаров и в свою очередь были побеждены Айзэном, Ямамото лично вступил с ним в сражение. В итоге оказался побеждён хитрой стратегией Соскэ и потерял левую руку, пытаясь уничтожить Айзэна магией самосожжения хадо № 96 Итто Касо («Сожжение клинка») — запрещённым заклинанием, использующим обгоревшее тело как катализатор для магической атаки. Однако с относительной лёгкостью справился с «Рэйгаями» Укитакэ и Кёраку, которые в несколько раз сильнее своих оригиналов, с помощью одной руки — по крайней мере, до появления копии Уноханы.
В финальной арке манги организует Готэй 13 для борьбы с Ванденрейхом, хотя в итоге квинси одолевают синигами. Когда все капитаны и отряды проиграли, Гэнрюсай вышел в бой, одним ударом испепелил Штернриттера Дрисколла Берчи и стал искать Яхве, чтобы сразиться. Найдя его, он тяжело ранил ещё трёх напавших на него Штернриттеров, после чего начал бой с самим Яхве. В итоге погибает от нечестного приёма последнего (император квинси, заменив себя двойником, Штернриттером Ройдом Ллойдом, который в итоге погиб, украл банкай у Ямамото и разруби его пополам, после чего уничтожил его тело). После его смерти приказом Совета 46-ти капитаном первого отряда и главнокомандующим Готэй 13 был назначен Сюнсуй Кёраку.
